Einer Studie des Bundesinstituts für Risikobewertung (BfR) zufolge sind die Risiken des Konsums von Wasserpfeifentabak nicht geringer als die von Zigarettentabak. Da der Rauch angenehm kühl ist, wird dieser tiefer in die Lunge eingeatmet. Dabei werden teilweise sogar größere Mengen an Schadstoffen wie Teer und Kohlenmonoxid aufgenommen als über Zigaretten.
Auch die Menge des aufgenommenen Nikotins ist beim Rauchen von Wasserpfeifen deutlich höher als bei Zigaretten. Neben Nikotin wurden weitere krebsauslösende Substanzen in vielfach höheren Konzentrationen im Rauch von Wasserpfeifen nachgewiesen, zum Beispiel Arsen, Chrom und Nickel.
Aus den wenigen Studien über die Gesundheitsgefahren des Wasserpfeifenrauchens ergibt sich ein Bild, das dem des Zigarettenrauchens ähnlich ist: So haben Neugeborene von Frauen, die während der Schwangerschaft Wasserpfeife geraucht haben, ein deutlich niedrigeres Geburtsgewicht als die Kinder von Nichtraucherinnen. Auch ist ein gehäuftes Auftreten von Herzerkrankungen bei Wasserpfeifenraucherinnen und -rauchern zu beobachten. Wie beim Zigarettenrauchen lösen die krebserregenden Stoffe im Rauch der Wasserpfeife Krebs in Lunge, Mundhöhle und Harnblase aus. Bei Wasserpfeifenraucherinnen und -rauchern wurde auch Krebs an der Lippe beobachtet.
Außerdem werden durch die gemeinschaftliche Nutzung von Wasserpfeifen Infektionskrankheiten begünstigt. Bisher wurden zum Beispiel Tuberkulose, Hepatitis, Herpeserkrankungen und Pilz-Infektionen bei Wasserpfeifenraucherinnen und -rauchern diagnostiziert.